Thomas & seine Freunde leben auf der Insel Sodor. Auf dem massiven Schienennetz des Eilandes erleben er und seine vielen Freunde (zumeist andere Lokomotiven oder andere Verkehrsvehikel) Abenteuer. Am Ende wird dann eine Moral an die kleinen Zuschauer und Fans vermittelt.

Die zweite Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Chaos im Kohlenstaub
02 - Kühe
03 - Berties Jagd
04 - Nicht verschrotten bitte
05 - Altes Eisen
06 - Thomas und Trevor
07 - Percy und das Signal
08 - Duck übernimmt
09 - Percy und Harold
10 - Der Ausreißer
11 - Percy nimmt ein Bad
12 - Schöner Mist, Herr Diesel
13 - Schmutzarbeit
14 - Um Haaresbreite
15 - Besser spät als nie
16 - Der Bremswagen
17 - Hilfe für die Zwillinge
18 - Ein unwillkommener Frühstücksgast
19 - Daisy
20 - Percys Zwangslage
21 - Dieselitis
22 - Der falsche Weg
23 - Edwards Heldentat
24 - Der Geisterzug
25 - Der Wollbär
26 - Der fehlende Weihnachtsbaum