Die Serie schildert die Jugendjahre des legendären Zauberers von Camelot und des späteren König Arthur.

In Camelot herrscht König Uther Pendragon, der Magie zum Schwerverbrechen erklärt hat. Das Anwenden von Magie wird mit dem Tod bestraft. Dies macht es nicht gerade leicht für den jungen Merlin, der erst kürzlich in die Stadt gezogen ist. Er lebt bei Hofarzt Gaius, der schnell seine magischen Fähigkeiten erkennt, ihn jedoch bei jeder Gelegenheit in Schutz nimmt. Es dauert nicht lange, bis er zum ersten Mal Prinz Artur begegnet. Nach ersten Konflikten wird Merlin sein Knappe und es baut sich eine freundschaftliche Beziehung auf. Merlin erfährt von einem Drachen, der unter Camelot in Gefangenschaft lebt, dass es sein Schicksal ist Artur zu schützen und ihm bei seinem vorbestimmten Weg beiseite zu stehen.

Die erste Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Ruf des Drachen
02 - Ein Ritter spielt falsch
03 - Zeichen des Unheils
04 - Vergifteter Kelch
05 - Lancelots Wunsch
06 - Heilmittel zum Zweck
07 - Auf dem Wege nach Avalon
08 - Jedes Ende besitzt einen Anfang
09 - Excalibur
10 - Ein Moment der Wahrheit
11 - Die Legende der Einhörner
12 - Tod dem König!
13 - Merlin und die alten Mächte