"Navy CIS" steht für "Naval Criminal Investigative Service" - es geht um ein Team von Spezialagenten, mit der Aufgabe, Verbrechen zu untersuchen, die mit Mitgliedern der Navy oder dem Marine Korps, egal welchen Ranges, zu tun haben. Geleitet wird das NCIS-Team von Special Agent Leroy Jethro Gibbs, der klug, hart und gewillt ist, die Regeln zu "dehnen", um die gestellte Aufgabe zu lösen. An seiner Seite ermitteln Special Agent Anthony DiNozzo, Agentin Kate Todd, die Forensikerin Abby Sciuto und der Mediziner Dr. Donald "Ducky" Mallard.

In der Serie geht es um ein Team von Agenten, die Verbrechen untersuchen, die auf irgendeine Weise mit der US-Navy oder dem Marine Korps zu tun haben. Die Agenten selber sind keine Militärangehörige und operieren außerhalb der Befehlskette. Die behandelten Fälle reichen von Spionage, Tötungsdelikten bis hin zu Terrorismus und gestohlenen U-Booten. Wenn nötig, ermitteln sie auch Undercover. (Spin-Off von J.A.G. - Im Auftrag der Ehre)

Die sechste Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Aus den Augen ... (Last Man Standing)
02 - Agent zur See (Agent Afloat)
03 - Ein ehrenwerter Mann (Capitol Offence)
04 - Vater und Sohn (Heartland)
05 - Der falsche Zeuge (Nine Lives)
06 - Der Traum vom Ruhm (Murder 2.0)
07 - Kollateralschaden (Collateral Damage)
08 - Verraten (Cloak)
09 - Domino (Dagger)
10 - Fight Club (Road Kill)
11 - Stille Nacht (Silent Night)
12 - Hinter Gittern (Caged)
13 - Schatten der Vergangenheit (Broken Bird)
14 - Der verschwundene Ring (Love & War)
15 - Abschreckung (Deliverance)
16 - Der Sündenbock (Bounce)
17 - Paket von einem Toten (South By Southwest)
18 - Alleingang (Knockout)
19 - Der Fluch der Waffe (Hide and Seek)
20 - Der Schatz des Piraten (Dead Reckoning)
21 - Schachmatt (Toxic)
22 - Legende (1) (Legend 1)
23 - Legende (2) (Legend 2)
24 - Geheimpoker (Semper Fidelis)
25 - Heimkehr (Aliyah)