In der dritten Staffel der Erfolgsserie findet sich Michael hinter Gittern wieder: Die selbe Organisation, die damals seinen Bruder Lincoln einsperren ließ, hat ihn in das gefährliche panamesische Gefängnis Sona verfrachtet, wo es keine Wärter, keine Regeln und keine Fluchtmöglichkeit gibt.

Die dritte Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Nichts geschieht ohne Absicht
02 - Unerträgliche Glut
03 - In weiter Ferne
04 - Ungewollte Motivationen
05 - Störeinflüsse
06 - Beweise müssen her
07 - Vertrauen vorbei
08 - Freier Wille gegen Wahrheit
09 - Allein unter Feinden
10 - Dreck begräbt die Moral
11 - Unten durch
12 - Die Schlinge zieht sich zu
13 - Auf die Rettung folgt die Rache