Die forensische Anthropologin Dr. Temperance Brennan hat die ungewöhnliche Fähigkeit, Hinweise auf den Täter in den Knochen der Opfer zu finden. Folglich wird sie von den strafverfolgenden Behörden immer dann engagiert, wenn nicht genügend Beweismittel zur Verfügung stehen. Doch Temperance arbeitet nicht allein. Sie ist Teil eines fünfköpfigen Teams - bestehend aus: Angela Montenegro, der es gelungen ist, ein einzigartiges Programm zu erstellen, welches Tatorte in 3D darstellt, Zack Addy, ein überdurchschnittlich intelligenter junger Mann und Dr. Jack Hodgins, der sich perfekt in der Welt der Insekten, Mineralien und Sporen auskennt und schließlich Temperances Chef, Dr. Camille Soroyan. Zu Spannungen kommt es während der Aufklärung eines Verbrechens immer dann, wenn Temperance auf FBI-Agenten Seeley Booth trifft, der wenig Vertrauen in die Arbeitsweisen und Methoden der Wissenschaftlerin setzt.

Die dritte Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Ein Kannibale und der Hunger auf mehr (The Widow's Son in the Windshield)
02 - Die Mutter, die in die Luft ging (Soccer Mom in the Mini-Van)
03 - Der Fall der gerittenen Leiche (Death in the Saddle)
04 - Organische Abfälle und ihre Geheimnisse (The Secret in the Soil)
05 - Echte Mumien im künstlichen Spuk (Mummy in the Maze)
06 - Eine Praktikantin im Ofen (Intern in the Incinerator)
07 - Der Junge in der Zeitkapsel (Boy in the Time Capsule)
08 - Von Rittern und Kannibalen (The Knight on the Grid)
09 - Morgen kommt kein Weihnachtsmann (The Santa in the Slush)
10 - Im Schlamm steckt ein Mann (The Man in the Mud)
11 - Spieler unter Druck (Player Under Pressure)
12 - Ein Baby hängt am Ast (The Baby in the Bough)
13 - Das Urteil in der Geschichte (The Verdict in the Story)
14 - Der Möchtegernsänger im Gras (The Wannabe in the Weeds)
15 - Mit einem Schmerzen im Herzen (The Pain in the Heart)