Da seine Anwesenheit zu gefährlich für Scully und William ist, verschwindet Mulder erneut - diesmal ist es seine
eigene Entscheidung. Ein frustrierter Agent Doggett versucht Mulder zu finden, um mit der Untersuchung gegen den
stellvertretenden Direktor Kersh voranzukommen. Doch Scully und Skinner können ihn schließlich überzeugen, diesen
Fall aufzugeben. Während Scully den beiden Agenten Doggett und Reyes bei einigen Fällen hilft, erkennt sie, dass
William noch immer in Gefahr ist. Sie entdeckt, dass ein religiöser Kult den Tod ihres Sohnes fordert und wendet
sich an die "Einsamen Schützen". Doch auch sie können William nicht davor bewahren, entführt zu werden. Diese Tatsache
zwingt Scully zu einer schmerzlichen Entscheidung. In ihrer dunkelsten Stunde erfährt sie, dass Mulder gefunden wurde
und im Militärgefängnis sitzt - wegen Mordes an einem Mann, der unsterblich ist.

Da sie wussen, dass die neunte Staffel die letzte sein wird, klebten die Fans förmlich an den TV-Geräten, um die letzte
Season voller unerklärlicher Geheimnisse, Regierungs-Verschwörungen und Begegnungen mit Außerirdischen zu erleben.
Aber die letzte Staffel hatte auch Neues zu bieten: Scully muss als alleinerziehende Mutter zurechtkommen, während
die FBI-Agenten Doggett und Reyes zum ersten Mal mit den mysteriösen und oft frustrierenden Umständen konfrontiert
werden, durch die viele X-Akten ungelöst bleiben.

Als Tribut an die vielen faszinierenden Charaktere, die der Serie während ihrer neunjährigen Laufzeit Leben einhauchten,
erschienen viele Lieblinge der Fans im 90-minütigen Serienfinale. Die Verbeugung an die erste Serien-Episode in der
letzten Szene erinnerte die Fans daran,
warum sie der Suche nach der Wahrheit treu blieben.

Die neunte Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Unter Wasser
02 - Adam und Eva
03 - Daemonicus
04 - 4-D
05 - Der Herr der Fliegen
06 - Schattenmann
07 - Desaparecido
08 - Häutungen
09 - Drohungen
10 - Die Prophezeihung
11 - Audrey
12 - Der Moerder in Mir
13 - Sechs und Neun
14 - Unter dem Bett
15 - Helden
16 - Zum Wohle des Kindes
17 - Erlösung
18 - Die perfekte Familie
19+20 - Die Wahrheit (Teil 1+2)