Bei der Verfolgung eines Marquis-Schiffes gerät die Voyager an ein geheimnisvolles Wesen mit dem Namen "Der Fürsorger" (so lautet auch der Titel der Pilotepisode). Dieser führt das Schiff in den Delta-Quadranten, doch gelingt es der Voyager-Crew nicht mehr, heim zu kehren. 70 Jahre von Förderationsgebiet entfernt, machen sich die Raumfahrer auf den Heimweg. Dabei müssen sie einen Teil des Universums durchqueren, der ihnen vollkommen unbekannt ist.
Dies aber ist nicht die einzige Herausforderung, der sich Captain Janeway (Kate Mulgrew) stellen muss: Das besagte Marquis-Schiff nämlich ist zerstört worden, die Besatzung hat aber größtenteils überlebt. Die Marquis, deren Heimatwelten von den Kardassianern besetzt wurden und die sich selbst Freiheitskämpfer nennen, von der Föderation jedoch als Terroristen verfolgt werden, müssen nun in das Leben an Bord des Föderationsschiffes eingegliedert werden.
Dies gelingt, da ihr Kommandant Chakotay (Robert Beltram) ein ehemaliger Föderationsoffizier ist, der die Notwendigkeit einer Zusammenarbeit einsieht. Doch bis sich die beiden Crews mehr oder weniger zusammenraufen, muss noch der ein oder andere Kampf ausgefochten werden.

Die 2. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Die 37er
02 - Der Namenslose
03 - Das Holo-Syndrom
04 - Elogium
05 - Der Zeitstrom
06 - Die Raumverzerrung
07 - Der Höllenplanet
08 - Rätzelhafte Visionen
09 - Tattoo
10 - Suspira
11 - Das Signal
12 - Die Resistance
13 - Prototyp
14 - Allianzen
15 - Die Schwelle
16 - Gewalt
17 - Der Flugkörper
18 - Todessehnsucht
19 - Lebensanzeichen
20 - Der Verräter
21 - Die Verdoppelung
22 - Undschuld
23 - Das Ultimatum
24 - Tuvix
25 - Entscheidungen
26 - Der Kampf ums Dasein (Teil 1)