Nach Mulders Verschwinden kehrt Scully ins FBI-Hauptquartier zurück und erfährt, dass Special Agent John Doggett den FBI-Einsatz
und die Jagd nach ihrem Partner leitet. Wissend, dass sich diese Aktion als nutzlos erweisen wird, wenden sich Scully und Skinner
an die "Einsamen Schützen" in der Hoffnung, Informationen über Ufo-Aktivitäten zu erhalten, in der Zeit, als Mulder verschwand.
Diese Informationen führen sie zu Gibson Praise, bei dem sich ein Mann befindet, der wie Mulder aussieht, in Wahrheit jedoch ein
außerirdischer Kopfgeldjäger ist. Als man erkennt, dass Mulder nicht so einfach zu finden ist, wird Agent Doggett offiziell den
X-Akten zugeteilt. Nach allem, was sie mit Mulder durchgemacht hat, ist jetzt Scully "die Gläubige", die einen Weg finden muss,
um mit "dem Skeptiker" John Doggett zusammen zu arbeiten.

Da David Duchovny nur für die Hälfte der Episoden dieser Staffel als Darsteller terminiert war, trat Gillian Anderson in seine
Fußstapfen und nahm einen erweiterten Part in der 8. Staffel ein. Ihre bewegende Darstellung, der an Liebeskummer leidenden,
schwangeren Dana Scully zeigte, warum diese talentierte Schauspielerin einen Emmy, einen Golden Globe und zwei SAG-Awards für
ihre Arbeit bei "Akte X" gewonnen hatte. Als neuer Partner an der Seite von Anderson trat Robert Patrick, bestens bekannt als
scheinbar unbesiegbarer Terminator in "Terminator 2 - Tag der Abrechnung", in Erscheinung.

Obwohl viele Fans wegen David Duchovnys "Entführung" während der ersten Hälfte der Staffel trauerten, war es ihnen die lieb-
gewonnene Chemie zwischen Duchovny und Anderson wert, die quälende Warterei bis zu Mulders Rückkehr von den Toten zu überstehen.
Chris Carter gab den Fans auch endlich worauf sie seit 8 langen Jahren warteten - die erklärte Liebe zwischen Mulder und Scully.

Die 8. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Verschwunden
02 - Gibson Praise
03 - Klauen und Zähne
04 - Gesteinigt
05 - Billy
06 - Rückwärts
07 - Via Negativa
08 - Fenster der Seele
09 - Schlaues Metall
10 - Hier und nicht hier
11 - Der Seelenesser
12 - Underground
13 - Frucht des Leibes
14 - Es ist zu spät
15 - Lebendig tot
16 - Drei Worte
17 - Feuer und Asche
18 - Sie kommen
19 - Augenlicht
20 - Einer von vielen
21 - William