Eine seltsame Epidemie befällt die Rückkehrer und entpuppt sich schließlich als ein Komplott der Regierung, die in ihnen eine Gefahr sieht und sie auslöschen will. Unter den 4400 bildet sich eine Splittergruppe, die sich gegen die Regierung auflehnen will.
Lilys (Laura Allen) und Richards (Mahershalalhashbaz Ali) Tochter Isabelle (Megalyn Echikunwoke) ist über Nacht auf unerklärliche Weise um 20 Jahre gealtert. Sie verliebt sich in Shawn (Patrick Flueger) und verändert nicht nur sein Leben dramatisch …
Der tot geglaubte Jordan Collier (Billie Campbell) kehrt verwirrt von einer Reise um die Welt in das 4400-Center zurück und scheint ein völlig anderer Mensch zu sein. Doch schon bald läuft er zu gewohnter Höchstform auf – mit einem Masterplan für die gesamte Menschheit. Zum Entsetzen aller werden weitere Kinder der 4400 aus der Zukunft entführt und "modifiziert" in verschiedenen Zeitepochen wieder ausgesetzt. Schafft es die Regierung die 4400 auszulöschen?

Die 3. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Die neue Welt (Teil 1)
02 - Die neue Welt (Teil 2)
03 - Wer ist Tom Baldwin
04 - Verschwunden - Teil 1
05 - Verschwunden - Teil 2
06 - Isabelles Rache
07 - Verrat
08 - Das Halluzinogen
09 - Der Rockstar
10 - Die Starzl Mutation
11 - Der Prediger
12 - Der Verdacht
13 - Auf des Messers Schneide