Alles nur ein böser Traum? Leider nein! Auf einer wissenschaftlichen Mission wird Commander John Crichton von einem Magnetwirbelsturm durch ein so genanntes ‘Wurmloch’ katapultiert. Als er wieder zu sich kommt, findet er sich in einem Paralleluniversum viele Galaxien von unserer Erde entfernt wieder - mitten im unerbittlichen Herrschaftsbereich der Peacekeeper. Entgegen ihrem Namen verströmen diese nicht gerade Frieden im Weltall. Als sein Raumschiff in das Universum eintritt, streift ihn ein Peacekeeper-Bomber und verglüht. So zieht auch John sich den Zorn von Peacekeeper-Captain Crais zu. Auf seiner Flucht verschlägt es den ‘Erdling’ auf die Moya, ein seltsam lebendiges Raumschiff, das die unterschiedlichsten Spezies beherbergt. Alle vereint die Furcht vor der Rache der Peacekeeper und die Hoffnung auf eine Rückkehr in ihre jeweilige Heimat. Eine fantastische Odyssee durch Raum und Zeit beginnt...

Die 3. Staffel besteht aus folgenden Episoden (richtiger, englischer Episodenguide):

01 - Die Phase der Tode
02 - Unter den Zwillingssonden von Qell
03 - Die selbstbeigebrachten Wunden (Teil 1)
04 - Die selbstbeigebrachten Wunden (Teil 2)
05 - Ein Riss in der Zeit
06 - Friss mich oder stirb!
07 - Talyns Flucht - Aeryns Schicksal
08 - Das unheimliche, grünäugige Monster
09 - Einer muss verlieren
10 - Rätsel der Relativität
11 - Inkubator - Ort seiner Herkunft
12 - In der Korona des Sirenensterns
13 - Der unglaubliche Abenteuer-Trip
14 - Kampf um unbegrenzte Möglichkeiten (Teil 1)
15 - Kampf um unbegrenzte Möglichkeiten (Teil 2)
16 - Die Geschichte mit dem Racheengel
17 - Dort unten auf Valldon
18 - Crichton ist tot - Es lebe Crichton
19 - Der Anfang vom Ende
20 - Ein infernalischer Plan (Teil 1)
21 - Ein infernalischer Plan (Teil 2)
22 - Norantis Zukunftsvision