Michael Scofield (Wentworth Miller) befindet sich in einer verzweifelten Situation: Sein Bruder Lincoln Burrows (Dominic Purcell) sitzt in einer Todeszelle. Er wurde wegen des Mordes am Bruder der amerikanischen Vize-Präsidentin verurteilt. Eine Überwachungskamera hat die Tat aufgenommen. Lincoln beteuert jedoch nach wie vor seine Unschuld.

Niemand glaubt ihm - außer sein Bruder. Nachdem alle legalen Mittel ausgeschöpft sind, um die Hinrichtung zu verhindern, fasst Michael den tollkühnen Beschluss, Lincoln aus dem Gefängnis zu befreien. Als Ingenieur, der selbst am Umbau der Gefängnisanlagen beteiligt war, konzipiert er einen minutiös durchdachten Fluchtplan. Um ihn zu verwirklichen, begeht er einen halbherzigen Banküberfall, der zu seiner Verurteilung und Inhaftierung im gleichen Gefängnis wie sein Bruder führt.

Schnell lernt Michael jedoch, dass im Gefängnisalltag nicht alles so läuft, wie er es vorhergesehen hat. Und der Termin für Lincolns Hinrichtung steht bereits fest.

Die 1. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Der grosse Plan (Pilot)
02 - Lügt Lincoln? (Allen)
03 - Vertrauenstest (Cell Test)
04 - Veronica steigt ein (Cute Poison)
05 - English, Fitz oder Percy? (English, Fitz or Percy)
06 - Lebensgefahr 1 (Riots, Drills and the Devil 1)
07 - Lebensgefahr 2 (Riots, Drills and the Devil 2)
08 - Nur noch 17 Tage (The Old Head)
09 - Plan in Gefahr (Tweener)
10 - Zuwachs (Sleight of Hand)
11 - Und dann waren es 7 (And Then There Were 7)
12 - Einer muss gehen (Odd Man Out)
13 - Jetzt oder nie! (End of the Tunnel)
14 - Im Schatten die Ratten... (The Rat)
15 - Totgeglaubte (By the Skin and the Teeth)
16 - Lebenswege (Brother's Keeper)
17 - Puzzleteile (J-Cat)
18 - Hoch gepokert (Bluff)
19 - Opfer der Wahrheit (The Key)
20 - Keine Zeit mehr (Tonight)
21 - Countdown (Go)
22 - Todgeweihte (Flight)