"X-Akten" heißen die ungeklärten Fälle des FBI, die im Zusammenhang mit dem Paranormalen und unerklärlichen Phänomenen wie Aliens oder UFOs stehen. Die beiden Agenten Fox Mulder und Dana Scully versuchen, Licht in das Dunkel der Fälle zu bringen. Mulder glaubt dabei an das Paranormale - seit seine Schwester Samantha im Alter von acht Jahren von Außerirdischen entführt wurde.

Seine Partnerin Agentin Scully dagegen, eine Medizinerin, versucht, rationale Erklärungen für die mysteriösen Fälle zu finden. Außerdem besteht ihre Aufgabe darin, Mulders Arbeit zu dokumentieren und alles festzuhalten, was ihr in irgendeiner Weise verdächtig vorkommt. Dunkle Gestalten der Regierung, angeführt vom "Zigarettenraucher", versuchen ihre Ermittlungen zu durchkreuzen...

Die 1. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Gezeichnet (Pilot)

02 - Die Warnung
03 - Das Nest
04 - Signale
05 - Der Teufel von Jersey
06 - Schatten
07 - Die Maschine
08 - Eis
09 - Besessen
10 - Gefallener Engel
11 - Eve
12 - Feuer
13 - Die Botschaft
14 - Verlockungen
15 - Lazarus
16 - Ewige Jugend
17 - Täuschungsmanöver
18 - Der Wunderheiler
19 - Verwandlungen
20 - Der Kokon
21 - Ein neues Nest
22 - Wiedergeboren
23 - Roland
24 - Das Labor