Nachdem uns Fox Mulder (David Duchovny) und Dana Scully (Gillian Anderson) in der ersten Staffel vorgestellt wurden, kommt die Serie in der zweiten Runde so richtig in Schwung. Basierend auf dem Riesenerfolg der früheren Episoden, nimmt die Geschichte in diesen 25 Folgen ihren spannenden Lauf. Man erhält erste Einblicke in die auf eine lange Laufzeit angelegte Rahmengeschichte, die in den folgenden Staffeln konsequent weitergesponnen wird.

Die sogenannten Mythologie-Folgen zielen auf eine globale Verschwörung ab, in der düstere Regierungsagenten, UFOs, Entführungen durch Außerirdische, Gentechnologie, der geheimnisvolle Zigarettenraucher und Fox Mulders Vater eine Rolle spielen. Dieser rote Faden wird geschickt mit den anderen, eigenständigen Episoden verwoben, die sich mit sämtlichen Fassetten des Paranormalen befassen. Außerdem wird in der zweiten Staffel auf Mulders Familiengeschichte inklusive der Entführung seiner Schwester Samantha durch Außerirdische (ein Ereignis in Mulders Kindheit, dass den FBI-Agenten für sein ganzes Leben geprägt hat) eingegangen.

Gillian Anderson wurde während der Dreharbeiten dieser Staffel unerwartet schwanger, aber dem Erschaffer der Serie, Chris Carter, gelang es anscheinend mit Leichtigkeit, Anderson für diese Zeit nicht nur geschickt zu umgehen, sondern Scullys Abwesenheit sogar in die Serie zu integrieren. Wie schon in der ersten Staffel werden Mulder und Scully von einer starken Nebenbesetzung unterstützt. In Staffel 2 werden dem Ensemble darüber hinaus ein neuer Agent mit Namen Alex Krycek, der Informant X sowie ein augenscheinlich unzerstörbarer, außerirdischer Kopfjäger hinzugefügt.

Die 2. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Kontakt
02 - Der Parasit
03 - Blut
04 - Schlaflos
05 - Unter Kontrolle
06 - Seilbahn zu den Sternen
07 - Drei
08 - An der Grenze
09 - Der Vulkan
10 - Das Museum
11 - Excelsis
12 - Böse geboren
13 - Todestrieb
14 - Satan
15 - Frische Knochen
16 - Die Kolonie (Teil1)
17 - Die Kolonie (Teil2)
18 - Sophie
19 - Totenstille
20 - Der Zirkus
21 - Heilige Asche
22 - Verseucht
23 - Das Experiment
24 - Unsere kleine Stadt
25 - Anasazi