Die Agenten Jay und Kay haben eine enorm wichtige Mission: Immer wieder tauchen fiese Aliens auf der Erde auf, die Men in Black sollen sie beobachten, kriminelle Aliens erwischen und vor allem dafür sorgen, dass der Rest der Welt nichts davon mitbekommt. Ausgerüstet mit ihren schwarzen Sonnenbrillen und unterstützt von Agentin Elle trotzen sie der Gefahr aus dem All.

Die erste Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Das alle-gegen-einen-Syndrom (The Long Goodbye Syndrome)
02 - Das Miezekatzen-Syndrom (The Buzzard Syndrome)
03 - Das Haarknäuel-Syndrom (The Irritable Bow-wow Syndrome)
04 - Das Alpha-Syndrom (The Alpha Syndrome)
05 - Das Undercover-Syndrom (The Undercover Syndrome)
06 - Das Chop-Shopper-Syndrom (The Neuralyzer Syndrome)
07 - Das Symbiot-Syndrom (The Symbiote Syndrome)
08 - Das Formenwandler-Syndrom (The Inanimate Syndrome)
09 - Das Du-bist-ich-Syndrom (The Psychic Link Syndrome)
10 - Das Cerebral-Beschleuniger-Syndrom (The Head Trip Syndrome)
11 - Das Tiefschlaf-Syndrom (The Big Sleep Syndrome)
12 - Das Manche-Mögens-heiß-Syndrom (The I Married An Alien Syndrome)
13 - Das Lupo-Klon-Syndrom (The Take No Prisoners Syndrome)