Die Staffel beginnt, wie die fünfte geendet hat: In einer sechs Folgen umfassenden Storyline ist der Krieg gegen das Dominion im vollen Gang. In "Zeit des Widerstands" arrangieren sich Kira, Odo, Quark und Jake, die auf DS9 zurückgeblieben sind, auf ihre Art mit den neuen Machthabern. Währenddessen planen Sisko und seine Crew, das größte Ketracel-White-Lager im Alpha-Quadranten zu zerstören. Odos und Kiras Freundschaft wird auf eine harte Probe gestellt, als Odo mit dem weiblichen Gestaltwandler verschmilzt. In "Ein kühner Plan" startet Sisko gegen eine Übermacht von Feinden den Angriff auf DS9, der in "Sieg oder Niederlage?" durch die Propheten eine überraschende Wendung nimmt. Erst mit Worfs und Daxs Hochzeit ("Klingonische Tradition") gibt es eine kurze Verschnaufpause in Sachen Action. Auch "Der glorreiche Ferengi" und "Wer trauert um Morn?" sorgen für Heiterkeit. Zunächst muss Quark seine Mutter aus den Fängen des Dominions retten, dann wird er zu Morns Alleinerben erklärt, der als wiederkehrender Charakter dafür berühmt ist, dass er niemals spricht. Doch die sechste Staffel schlägt auch nachdenkliche Töne an: In "Jenseits der Sterne" spielt Avery Brooks, der auch Regie führte, den Science-Fiction-Autor Benny Russell. In seinen Geschichten über die Raumstation Deep Space Nine und ihren farbigen Captain träumt er von einer besseren Zukunft. Denn als Farbiger im New York der 50er-Jahre ist sein Leben alles andere als rosig. Als besonderes Schmankerl gibt es in der Episode die gesamte DS9-Crew ohne ihr Alien-Make-up zu sehen! Ein weiteres Staffel-Highlight sind die Auftritte von Vic Fontaine (James Darren), der als Las-Vegas-Sänger à la Frank Sinatra die Bühne des Holodecks betritt. In der Episode "Auf seine Art" bringt er sogar Odo und Kira endlich zusammen.

Die sechste Staffel endet mit "Tränen der Propheten", wie sie begonnen hat -- düster und dunkel. Daxs tragischer Tod stürzt Worf in Verzweiflung, das Wurmloch kollabiert und ein gescheiterter Sisko verlässt die Station. Das lässt in Sachen Dramatik einiges erwarten für die abschließende siebte Staffel. Doch zum Glück gibt es auch helle Lichtpunkte inmitten all dieser Düsternis. Gepaart mit dem richtigen Schuss Action, der sich von Staffel zu Staffel steigert, und exzellenten Spezialeffekten, hat DS9 sich daher einen Spitzenplatz in der TV-Serienlandschaft nicht nur der 90er-Jahre gesichert und sich des Erbes von Gene Roddenberry würdig erwiesen, der nicht mehr an der Entstehung dieser Serie beteiligt war. Eine hervorragende Episode wie "In fahlem Mondlicht", in der Sisko zu Lug und Betrug greift, um die Romulaner im Krieg gegen das Dominion auf die Seite der Föderation zu ziehen, wäre vermutlich mit Roddenberry gar nicht denkbar gewesen.

Die 6. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Zeit des Widerstands
02 - Entscheidungen
03 - Söhne und Töchter
04 - Hinter der Linie
05 - Ein kühner Plan
06 - Sieg oder Niederlage
07 - Klingonische Tradition
08 - Erkenntnis
09 - Statistische Wahrscheinlichkeiten
10 - Der gloreiche Ferengi
11 - Das Gute und das Böse
12 - Er trauert um Morn?
13 - Jenseits der Sterne
14 - Das winzige Raumschiff
15 - Ehre unter Dieben
16 - Wandel des Herzens
17 - Tiefes Unrecht
18 - Inquisition
19 - In fahlem Mondlicht
20 - Auf seine Art
21 - Zeit der Abrechnung
22 - Valiant
23 - Die Beraterin
24 - Das Zeitportal
25 - Der Klang ihrer Stimme
26 - Tränen der Propheten