Willkommen zum dritten Jahr der Abenteuer von Deep Space Nine, einem abgelegenen und verlassenen cardassianischen Aussenposten am Rande des bekannten Universums.
Wir schreiben das Jahr 2371. Die Macht des Dominion, unterstützt von den gefürchteten Jem'Hadar-Kriegern, gewinnt die Überhand. Jeder Vorstoß der Truppen des Alpha-Quadranten wird zurückgeworfen.
Während die Züge auf dem intergalaktischen Schachbrett eher langsam gespielt werden, gibt es an Bord von Deep Space Nine dringendere Prioritäten.
Quark muss sich mit der Gier des Großen Nagus herumschlagen, wird der Anführer eines Klingonischen Hauses, versucht seinen Neffen davon abzubringen in die Sternenflotte einzutreten und seine eigene Mutter zur Räson bringen: sie besteht darauf Kleidung zu tragen und Profit zu machen!
Jadzias Trill-Erbe bedroht zunächst ihr Leben und dann ihre Freunde, als die früheren Wirte des Dax-Symbionten durch ihr Leben spuken.
Kira erfährt, dass sie einst eine Cardassianerin war und schließt sich wieder ihrer früheren Widerstandszelle an. Sie erhebt die Waffen gegen ihre eigenen Leute.
Benjamin Sisko reist in der Zeit zurück und ihm fällt eine schwere Rolle zu: Er muss absichtlich den Tod von hunderten unschuldiger Menschen verursachen.
Während die Sternenflotten-Offiziere sich mit kleineren Problemen herumschlagen, scheitern die Cardassianer und die Romulaner mit einer direkten Annäherung an den Konflikt. Das Dominion hingegen verfolgt heimlich eine Strategie, die die Machtverhältnisse in der Galaxie für immer verändern könnte.

Die 3. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Die Suche (Teil 1)
02 - Die Suche (Teil 2)
03 - Das Haus des Quark
04 - Equilibrium
05 - Die zweite Haut
06 - Der Ausgesetzte
07 - In der Falle
08 - Meridian
09 - Defiant
10 - Das Festival
11 - Gefangen in der Vergangenheit (Teil 1)
12 - Gefangen in der Vergangenheit (Teil 2)
13 - Der Funke des Lebens
14 - Herz aus Stein
15 - Trekors Prophezeiung
16 - Das Motiv der Propheten
17 - Der Visionär
18 - Ferne Stimmen
19 - Durch den Spiegel
20 - Der geheimnisvolle Garak (Teil 1)
21 - Der geheimnisvolle Garak (Teil 2)
22 - Die Erforscher
23 - Familienangelegenheiten
24 - Shakaar
25 - Facetten
26 - Der Widersacher