Auf Bitten der provisorischen Regierung von Bajor übernimmt die Sternenflotte Deep Space Nine. Die Raumstation im Orbit des Planeten ist ein ehemaliger Außenposten der Cardassianer, die sich erst vor kurzem als Besatzungsmacht von Bajor zurückgezogen haben. Mit dem Kommando wird Commander Benjamin Sisko (Avery Brooks) betraut. Sein erster Offizier, die Bajoranerin Major Kira Nerys (Nana Visitor), ist eine ehemalige Freiheitskämpferin, Chef-Ingenieur Miles O'Brien (Colm Meaney) wird von der Enterprise versetzt, Sicherheitschef Odo (Rene Auberjonois) ist ein Gestaltwandler, der bereits für die Cardassianer gearbeitet hat.

Ergänzt wird die Crew durch Dr. Julian Bashir (Siddig El Fadil, der sich ab der vierten Staffel Alexander Siddig nannte) und den Trill Jadzia Dax (Terry Farrell), dessen vorherigen Wirt Sisko als alten Mann Curzon Dax kannte. Armin Shimerman, der bereits in der TNG-Episode "Der Wächter" den ersten Ferengi im Star Trek-Universum spielte und als Schuldirektor Snyder versuchte, der Vampirjägerin Buffy Disziplin beizubringen, gibt den zwielichtigen Barbesitzer Quark, der immer wieder durch seine illegalen Aktivitäten auffällt, aber im Grunde doch ein gutes Herz besitzt.

Wie es sich für eine erste Staffel gehört, werden die einzelnen Charaktere eingeführt. Doch im Gegensatz zu anderen Star TrekSerien zeichnet sich DS9 vor allem durch die erzählerische Dichte und Komplexität der aufeinander aufbauenden Geschichten aus. Wesentliche Handlungsstränge sind zunächst die andauernden Auseinandersetzungen zwischen Bajoranern und Cardassianern sowie die tiefe Religiösität der Bajoraner. Im gelungenen Pilotfilm "Der Abgesandte" entdecken Sisko und Dax das Wurmloch, das die Bajoraner für den heiligen Tempel ihrer Propheten halten.

Die 1. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Der Abgesandte (Teil 1)
02 - Der Abgesandte (Teil 2)
03 - Die Khon-Ma
04 - Unter Verdacht
05 - Babel Babal
06 - Tosk, der Gejagte
07 - Q - Unerwünscht
08 - Der Fall
09 - Der Parasit
10 - Chula - Das Spiel
11 - Die Nachfolge
12 - Der Steinwandler
13 - Die Prophezeiung
14 - Die Legende von Dal`Rok
15 - Mullibok's Mond
16 - Die Macht der Phantasie
17 - Persönlichkeiten
18 - Meuterei Dramatis
19 - Der undurchschaubare Marrizza
20 - Blasphemie