Völlig verwirrt wacht die junge Nikita (Peta Wilson, 28) in einem fensterlosen Zimmer auf. Sie erinnert sich, dass sie von der Polizei festgenommen wurde, weiß bis dahin nicht warum. Ihr wird vorgeworfen einen Polizisten ermordet zu haben. Obwohl unschuldig, wird Nikita wegen Mordes verurteilt: Tod durch die Spritze. Doch plötzlich steht der mysteriöse Michael (Roy Dupuis, 35) neben ihr - mit einem knallharten Angebot... Entweder sie lässt sich zur Top-Agentin ausbilden - oder sie wird tatsächlich sterben.
So beginnt die neue Action-Serie Die geheime Sektion Eins, für die Nikita arbeiten soll, ist ein Top-Team der Regierung. Die Star-Agenten jagen Terroristen, Killer und Waffenhändler auf der ganzen Welt. Nikita muss töten, um selbst zu überleben. Sie nimmt das Angebot an, lässt sich zur lebendigen Waffe ausbilden. Die verwahrloste Vagabundin wird zur Waffenexpertin und zur vollendeten Dame. Doch oft findet sie sich in Situationen wieder, in der ihr Mitleid und ihr Charakter in direktem Gegensatz zu ihrer Arbeit stehen. Sie versucht ständig die richtigen Entscheidungen zu treffen, und weiß, dass ein Gewissen zu haben ein tödlicher Fehler sein kann. Obwohl sie sich keinem Außenstehenden anvertrauen kann, weigert sie sich, ihre Seele zu verkaufen...
Besonders die weiblichen amerikanischen Zuschauer fesselte das Schicksal der jungen Frau, die verzweifelt versucht, außerhalb ihrer lebensgefährlichen Einsätze ein normales Leben zu führen.

Die 2. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Der Maulwurf
02 - Unter Verdacht
03 - Bewährungsprobe
04 - Eine Liebe zerbricht
05 - Führungswechsel
06 - Einsame Entscheidung
07 - Zwiespalt
08 - Dunkle Kanäle
09 - Die lebende Bombe
10 - Mission ohne Mitgefühl
11 - Fahrt ins Jenseits
12 - Doppeltes Spiel
13 - Agent ohne Vergangenheit
14 - Ausgleichende Gerechtigkeit
15 - Der Wunderknabe
16 - Alte Gewohnheiten
17 - Der schleichende Tod
18 - Agentenliebe
19 - Ausgetrickst
20 - Der Nebenbuhler
21 - Machtspiele
22 - Alles oder nichts