Die BioTech-Firma "Genom X", die direkt den US-Geheimdiensten untersteht, hat sich in den letzten 50 Jahren mit einem geheimen human-genetischen Programm beschäftigt, das nun unerwartete Konsequenzen hat. Das eigentliche Ziel des ehrgeizigen Projektes war es, den genetischen Code des Menschen zu entschlüsseln – und menschliche DNS zu manipulieren. Eines Tages müssen die Genforscher jedoch feststellen, dass eines ihrer Experimente fehlgeschlagen ist. Die Versuchspersonen haben außergewöhnliche Kräfte, manchmal auch tödliche Fähigkeiten entwickelt: Jesse Kilmartin kann zum Beispiel die Dichte seines Körpers per Willenskraft so beeinflussen, dass er unbeschadet durch Wände gehen kann. Emma DeLauro wiederum kann die Gedanken und Gefühle anderer Menschen lesen und beeinflussen. Shalimar Fox ist dank ihrer ausgeprägten Instinkte und animalischen Kraft eine begnadete Kämpferin. Brennan Mulwray kann Elektrizität in seinem Körper speichern und bei Gefahr Stromstöße abgeben.
Die Menschenversuche sollen mit aller Macht vertuscht werden. Der eiskalte Wissenschaftler Mason Eckhart will jedoch auch die Kontrolle über die sogenannten "Neuen Mutanten" erlangen und sie für seine eigenen, zweifelhaften Ziele einsetzen. Sein eigens gegründeter "Genetischer Sicherheitsdienst" ist bereits im ganzen Lande auf der Suche nach den "Missgeburten".
Der brillante Wissenschaftler Adam, der früher als Chefbiogenetiker für "Genom X" gearbeitet hat, will Eckhart das Handwerk legen. Also gründet er die Organisation "Mutant X", die Mutanten vor Eckhart und seinen Schergen bewahren soll, indem sie ihnen einen Zufluchtsort und eine neue Identität verschafft. Das Leben einer ganzen Generation von "Neuen Mutanten" ist vom Erfolg seiner Arbeit abhängig...

Die 3. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Der Mutant aus dem Nichts
02 - Lohn der Sünde
03 - Der Parasit
04 - Die Saat des Bösen
05 - Kaltes Herz
06 - Schatten der Vergangenheit
07 - Die Hand Gottes
08 - Die Heuschreckenplage
09 - Der virtuelle Mörder
10 - Das gestohlene Herz
11 - Bombenterror
12 - Die Verschwörung
13 - Die drei Gemälde
14 - Zurück im Leben
15 - Falsche Identität
16 - Der Fluch der Unsterblichkeit
17 - Der Krieg beginnt
18 - Im Innern des Vulkans
19 - Das Trojanische Pferd
20 - Die Prophezeiung
21 - Die Kammer der Seelen
22 - Der Schöpfer