Die BioTech-Firma "Genom X", die direkt den US-Geheimdiensten untersteht, hat sich in den letzten 50 Jahren mit einem geheimen human-genetischen Programm beschäftigt, das nun unerwartete Konsequenzen hat. Das eigentliche Ziel des ehrgeizigen Projektes war es, den genetischen Code des Menschen zu entschlüsseln – und menschliche DNS zu manipulieren. Eines Tages müssen die Genforscher jedoch feststellen, dass eines ihrer Experimente fehlgeschlagen ist. Die Versuchspersonen haben außergewöhnliche Kräfte, manchmal auch tödliche Fähigkeiten entwickelt: Jesse Kilmartin kann zum Beispiel die Dichte seines Körpers per Willenskraft so beeinflussen, dass er unbeschadet durch Wände gehen kann. Emma DeLauro wiederum kann die Gedanken und Gefühle anderer Menschen lesen und beeinflussen. Shalimar Fox ist dank ihrer ausgeprägten Instinkte und animalischen Kraft eine begnadete Kämpferin. Brennan Mulwray kann Elektrizität in seinem Körper speichern und bei Gefahr Stromstöße abgeben.
Die Menschenversuche sollen mit aller Macht vertuscht werden. Der eiskalte Wissenschaftler Mason Eckhart will jedoch auch die Kontrolle über die sogenannten "Neuen Mutanten" erlangen und sie für seine eigenen, zweifelhaften Ziele einsetzen. Sein eigens gegründeter "Genetischer Sicherheitsdienst" ist bereits im ganzen Lande auf der Suche nach den "Missgeburten".
Der brillante Wissenschaftler Adam, der früher als Chefbiogenetiker für "Genom X" gearbeitet hat, will Eckhart das Handwerk legen. Also gründet er die Organisation "Mutant X", die Mutanten vor Eckhart und seinen Schergen bewahren soll, indem sie ihnen einen Zufluchtsort und eine neue Identität verschafft. Das Leben einer ganzen Generation von "Neuen Mutanten" ist vom Erfolg seiner Arbeit abhängig...

Die 2. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Die Alchemistin
02 - An die Wand gespielt
03 - Zeitreise
04 - Der Werwolf
05 - Herrscher über Leben und Tod
06 - Zwischen den Fronten
07 - Die Welt hinter der Welt
08 - Der Androide
09 - Der Körperwanderer
10 - Die Ersatzspielerin
11 - Schmutzige Geschäfte
12 - Der letzte Coup
13 - Tödliche Geheimnisse
14 - Gladiatoren
15 - Das Attentat
16 - Der Kronzeuge
17 - Das Tribunal
18 - Inferno
19 - Außer Kontrolle
20 - Das Labyrinth
21 - Begraben im ewigen Eis
22 - Der perfekte Mutant