Bei der Verfolgung eines Marquis-Schiffes gerät die Voyager an ein geheimnisvolles Wesen mit dem Namen "Der Fürsorger" (so lautet auch der Titel der Pilotepisode). Dieser führt das Schiff in den Delta-Quadranten, doch gelingt es der Voyager-Crew nicht mehr, heim zu kehren. 70 Jahre von Förderationsgebiet entfernt, machen sich die Raumfahrer auf den Heimweg. Dabei müssen sie einen Teil des Universums durchqueren, der ihnen vollkommen unbekannt ist.
Dies aber ist nicht die einzige Herausforderung, der sich Captain Janeway (Kate Mulgrew) stellen muss: Das besagte Marquis-Schiff nämlich ist zerstört worden, die Besatzung hat aber größtenteils überlebt. Die Marquis, deren Heimatwelten von den Kardassianern besetzt wurden und die sich selbst Freiheitskämpfer nennen, von der Föderation jedoch als Terroristen verfolgt werden, müssen nun in das Leben an Bord des Föderationsschiffes eingegliedert werden.
Dies gelingt, da ihr Kommandant Chakotay (Robert Beltram) ein ehemaliger Föderationsoffizier ist, der die Notwendigkeit einer Zusammenarbeit einsieht. Doch bis sich die beiden Crews mehr oder weniger zusammenraufen, muss noch der ein oder andere Kampf ausgefochten werden

Die 1. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Der Fürsorger (Teil 1)
02 - Der Fürsorger (Teil 2)

03 - Die Parallaxe *
04 - Subraumspalten
05 - Transplantationen
06 - Der Mysteriöse Nebel
07 - Das Nadelöhr *
08 - Die Augen des Toten *
09 - Das Unvollstellbare *
10 - Das oberste Gesetzt *
11 - Der Verraz *
12 - Helden und Dämonen
13 - Bewusstseinsverlust
14 - Von Angesicht zu Angesicht
15 - Dr. Jetrels Experiment
16 - Erfahrungswerte