Mit Witz und jeder Menge Spannung zeichnet die aufwendig produzierte Serie die Jugendjahre des legendären Zauberers Merlin und seines Freundes König Arthur. Merlins Begabung für die Magie ist größer als die Kontrolle über diese Mächte, und Arthurs Großmut und Tapferkeit müssen sich erst aus der Umklammerung seines jugendlichen Ungestüms lösen.
Der junge Merlin wird von seiner Mutter zu Gaius, dem weisen Leibarzt König Uthers, ins Königreich Camelot geschickt. Bei seinem Lehrmeister soll Merlin mehr über seine magischen Kräfte erfahren und lernen, diese zu kontrollieren. Doch der Aufenthalt am Hof des Herrschers ist nicht ungefährlich, da König Uther jegliche Magie unter Todesstrafe gestellt hat. Kurz nach seiner Ankunft erfährt Merlin, dass es seine Bestimmung sei, der Beschützer des großspurigen und selbstverliebten Königssohns Arthur zu werden.