Sydney Bristo arbeitet seid Jahren schon für die SD6, eine angebliche unterordnung von der CIA. Als sie ihrem Freund bei der Verlobung gesteht das sie eine Agentin ist, wird dieser kurze Zeit später getötet. Von ihrem Vater erfährt Sydney das SD6 gar keine unterordung von der CIA ist und das er selber ein geheimer Doppelagent ist und wichtige Infomationen von der SD6 an die die CIA weiter gibt, damit CIA schon bald SD6 zerstören kann. Sydney will Rachen für den Tod ihrers Verlobten und wird auch zur Doppelagentin.

Die dritte Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Zwei Jahre
02 - Erbfolge
03 - Medusa
04 - Unbekannter Liebhaber
05 - Messerstiche
06 - Feindinnen
07 - Alpträume
08 - Bis an die Grenze
09 - Bei Bewusstsein
10 - Überreste
11 - Enthüllungen
12 - Überläufer
13 - Neue Allianzen
14 - Rückschlag
15 - Späte Rache
16 - Artefakt 45
17 - Sündenbock
18 - Enttarnt
19 - Stundenglas
20 - Blutsbande
21 - Vermaechtnis
22 - Auferstehung