Wann immer irgendwo Knochenfunde der Polizei Rätsel aufgeben, wird sie hinzugezogen: Dr. Temperance Brennan ist forensische Anthropologin und kann wie niemand sonst in Skeletten und Knochenresten lesen. Sie entdeckt noch so winzige Hinweise auf die Identität des Opfers und die Todesursache. Sollte ein Verbrechen vorliegen, findet sie wertvolle Spuren, die der Polizei bei der Suche nach dem Täter helfen. Unterstützt wird sie dabei von einem Team junger Wissenschaftler, die mit ihr am Jeffersonian Institut in Washington arbeiten. Doch die Arbeit im Institut ist ihr nicht genug. Daher überredet sie den FBI-Agenten Seeley Booth, sie aktiv in die Ermittlungen außerhalb des Labors mit einzubeziehen. Booth lässt sich zunächst nur widerwillig darauf ein, denn Wissenschaftler sind ihm suspekt.

Außerdem beurteilen er und Brennan die Fälle oft sehr unterschiedlich: Während Brennan an die Wissenschaft glaubt und sehr rational an die Fälle herangeht, verlässt sich Booth lieber auf seinen Instinkt und vertraut auch beim Umgang mit den Verdächtigen auf sein Bauchgefühl. Doch im Grunde macht die beiden genau das zu einem perfekten Team.

Die fünfte Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Ein Medium für die Liebe und den Tod
02 - Ein Agent im Kofferraum
03 - Das Einfache im Wunderkind
04 - Es geschah an einem schönen Tag in der Vorstadt
05 - Nachts im Bones-Museum
06 - Hennen, Hahn und Hinterlist
07 - Ein Zwerg, reich und tot, war einmal in Not
08 - Leben zu Asche im Einfamilenhaus
09 - Heute: Leiche in Öl
10 - Was vom Mann der Weihnacht übrig blieb
11 - Das X in der Akte
12 - Im Pudding liegt die Wahrheit
13 - Die Geheimnisse und ein Zahnarzt
14 - Der Teufel steckt im Detail
15 - Die Liebe und die Dunkelheit
16 - Weniger als die Summe aller Teile?
17 - Die Klasse von 1994
18 - Das Bein im Biest aus dem Becken
19 - Ein Rocker im Spülgang
20 - Zwei Hexen im abgebrannten Haus
21 - Ungesunder Menschenverstand
22 - Zum Schluss fängt alles an