Clannad spielt in einer Oberschule, in einer nicht namentlich erwähnten japanischen Stadt. Okazaki Tomoya ist im 3. Jahr und nimmt die Schule nicht sehr ernst. Er kommt immer zu spät und wird von seinen Klassenkameraden, die mit den Vorbereitungen für ihre Aufnahmeprüfungen für die Universität beschäftigt sind, als ständiger Störenfried gesehen. Aus diesem Grund hat er auch kaum Freunde dort.

Tomoya scheint das jedoch wenig zu interessieren – bis er eines Tages ein Mädchen, Furukawa Nagisa, trifft, dass ebenfalls keine Freunde hat, da alle, die sie kannte, bereits von der Schule abgegangen sind. Er hält sie zunächst für sehr tollpatschig und schwerfällig, doch er schafft es nicht sich von ihr zu lösen und trifft so, während er ihr hilft, immer mehr Mädchen aus der Schule. Obwohl er sich anfangs wenig für sie interessiert, öffnet er sein Herz immer weiter, je besser sie sich kennen lernen.