"Navy CIS" steht für Naval Criminal Investigative Service - es geht um ein Team von Spezialagenten, mit der Aufgabe, Verbrechen zu untersuchen, die mit Mitgliedern der Navy oder dem Marine Korps, egal welchen Ranges, zu tun haben. Geleitet wird das NCIS-Team von Special Agent Leroy Jethro Gibbs, der klug, hart und gewillt ist, die Regeln zu "dehnen", um die gestellte Aufgabe zu lösen.
(Sat.1)

In der Serie geht es um ein Team von Agenten, die Verbrechen untersuchen, die auf irgendeine Weise mit der US-Navy oder dem Marine Korps zu tun haben. Die Agenten selber sind keine Militärangehörige und operieren außerhalb der Befehlskette. Die behandelten Fälle reichen von Spionage, Tötungsdelikten bis hin zu Terrorismus und gestohlenen U-Booten. Wenn nötig, ermitteln sie auch Undercover.