Amerika, das Land der unbegrenzten Möglichkeiten, einst auch das Land der Cowboys und Indiana, die sich erbitterte Kämpfe im Wilden Westen lieferten. Call of Juarez: Bound in Blood versetzt den Spieler in die Rolle der McCall-Brüder, die im Bürgerkrieg gedient haben, aber aufgrund von unterschiedlichen Meinungen mit ihrem Vorgesetzten Colonel Barnsby aus der Armee ausgetreten sind. Fortan führten die beiden ein gesetzloses Leben, bei dem sie sich nicht scheuten, der Gefahr ins Auge zu blicken. Die Namen der beiden Brüder sind Thomas und Ray McCall. Letzterer dürfte Spielern des ersten Teils eher als Reverend McCall bekannt sein, seines Zeichens einer der beiden Hauptcharaktere des ersten Teils, wenn auch damals deutlich älter. Dies liegt daran, dass Call of Juarez: Bound in Blood gut 20 Jahre vor dem ersten Teil angesiedelt ist. Das Spiel ist somit ein Prequel, in dem der Spieler erfährt, warum Ray McCall später seinen Beruf gewechselt hat.