Im Jahr 2062 stand die Menschheit am Rande der Vernichtung. Tiberium, das mysteriöse außerirdische Kristall, das die Erde in einen jahrzehntelangen blutigen Krieg zwischen der Global Defense Initiative (GDI) und der Bruderschaft von Nod gestürzt hatte, drohte den Planeten endgültig unbewohnbar zu machen. Ausgerechnet in dieser Krise kehrte Kane, der prophetische Führer der Bruderschaft von Nod, aus seinem Exil zurück und eröffnete der GDI, er hätte ein System entwickelt, mit dessen Hilfe er das Tiberium kontrollieren und dessen Macht nutzen könne. Allerdings konnte er sein "Tiberium-Kontrollnetzwerk" ohne die Hilfe der GDI nicht aufbauen. Und so kämpften die einst erbitterten Feinde endlich für ein gemeinsames Ziel: Die Rettung der Menschheit vor der Vernichtung durch das Tiberium.

Heute, 15 Jahre später, ist der Aufbau des Netzwerks nahezu abgeschlossen. Das Tiberium ist unter Kontrolle und unser wiederbelebter Planet steht an der Schwelle eines neuen Zeitalters des Fortschritts und Wohlstandes. Allerdings fragen sich immer mehr Menschen, warum Kane einst seine Hilfe angeboten hat ... und was er wohl als Gegenleistung verlangen wird.
Diese und andere Fragen gipfeln schließlich im dramatischen Schlussakt der Tiberiumsaga.