Es herrscht Krieg auf dem Planeten Babo. Sie kämpfen auf der Seite der B.V.I und suchen ein geheimes Artefakt. Story ist in „Madballs in: BABO Invasion“ zwar nicht viel enthalten, doch sowas braucht das Spiel auch gar nicht. Das Spielprinzip ist recht einfach gehalten, einfach aber genial. Sie beginnen mit den ersten „Madball“ und schalten im Laufe des Spiels weitere „Madballs“ frei. Vom Auge bis zum Zombie, alles was grässlich ist kommt als „Madball“ ins Game. Jeder der einzelnen „Madballs“ hat seine eigenen Fähigkeiten, der eine kann zum Beispiel durch einen Boost schneller rollen, wo hingegen andere die Fähigkeit besitzen, sich selbst zu heilen.