Minecraft: Story Mode - Season 2 setzt die Geschichte der ersten Staffel des Telltale-Adventures mit fünf Episoden fort. Dabei werden Entscheidungen aus Season 1 übernommen, allerdings kann man auch komplett neu in die Staffel einsteigen. Die erste Episode heißt Episode 1: Hero In Residence. Die Story dreht sich erneut um Jesse und seine Freunde, die inzwischen gefeierte Helden sind. Doch mit dem Fame kommen auch neue Probleme und richtig kompliziert wird es, als Jesse seine Hand in einen merkwürdigen Handschuh steckt und sich nicht mehr befreien kann. Zusammen mit alten und neuen Freunden muss er sich auf die Suche nach einem alten Unterwasser-Tempel machen, um das Geheimnis des Handschuhs zu lüften.