Die Geschichte von Mages of Mystralia stammt aus der Feder des Bestseller-Autors Ed Greenwood. Fantasy-Fans ist er bekannt als Schöpfer der Welt Vergessene Reiche in Dungeons and Dragons, die als Grundlage für Spiele wie Baldur's Gate und Neverwinter Nights diente. Der Titel selbst versteht sich als Action-Adventure-Rollenspiel, in dem Spieler in die Rolle von Zia, einem jungen Mädchen schlüpfen. Mit ihrem angeborenen Sinn für Magie macht sie sich in einer Welt, in der magische Dinge verboten sind, auf den Weg, für sich allein zu trainieren, um die Beherrschung ihrer Kräfte zu erlernen. Auf ihrer Reise trifft sie auf andere ausgestoßene Magier und entdeckt Runen mit magischen Fähigkeiten. Ihr wird bewusst, dass sie diese Runen auf millionenfache Weise kombinieren kann, um völlig neue Zaubersprüche zu erfinden.