Song of the Deep ist ein 2D-Metroidvania von Insomniac Games (Ratchet & Clank, Sunset Overdrive). Der Spieler übernimmt die Rolle des Mädchens Merryn, die mit einem selbstgebauten U-Boot in ein Abenteuer abtaucht um ihren Vater zu finden. Das U-Boot wird im Laufe des Spiels ausgebaut und erhält neue Fähigkeiten, die unter anderem neue Gebiete erkundbar machen. Der Spielfortschritt bis zur Rettung des Vaters ist non-linear.