In Shelter 2 schlüpfen Spieler in die Rolle einer Luchs-Mutter, die zusammen mit ihren Jungen um das Überleben in der Wildnis kämpft. Dabei beginnt das Spiel mit dem trächtigen Tier, umspannt die Geburt und den Zeitraum ihrer Fürsorge für den Wurf. Bestandteile des Gameplays sind die Jagd nach Nahrung aber auch die Suche nach Trinkwasser.