Eine faszinierende Story aus zwei Welten: einer Fantasie-Welt sowie der Welt, wie wir sie heute kennen. Weit in der Vergangenheit waren beide dieser Welten eins, doch heute existieren sie getrennt voneinander; von der Existenz der jeweils anderen Welt ist heute niemanden mehr etwas bekannt. Wirklich niemanden?
Zu Beginn des Spiels sehen wir eine junge, 18-jährige Frau gedankenversunken auf ihrem Bett in London, als sich plötzlich alles um sie herum dreht und ein merkwürdig dreinschauender Typ vor ihr steht, der sich als Druide der Feenwelt vorstellt. Der naturverbundene Bursche faselt von Prophezeiungen und Verbindungen der Welten und entführt das Mädchen kurzerhand in eine andere Dimension.
Der Spieler schlüpft nun in die Rolle der jungen Frau und versucht, die Welt der Feen und Menschen zu vereinen - so wie es vor langer Zeit der Fall war. Es gilt, viele Rätsel zu lösen, bei denen der Spieler oft mit den Bewohnern beider Welten interagieren muss.
Zanzarah ist jedoch keines jener 08/15-Lauf-und-Such-Spiele. Im Verlauf des Spiels gelangt der Spieler in die Welt der Menschen, Pixis und in die so genannte dunkle Welt. Dort trifft er auf Feen, die ihm mit ihren Fähigkeiten bei Problemen hilfreich zur Seite stehen. Darüber hinaus lassen sich die Geschöpfe trainieren und ähnlich wie bei den Pokemon-Spielen gegen andere Mitglieder ihrer Spezies einsetzen. Die kleinen, fliegenden Kreaturen unterteilen sich in Elementklassen wie Feuer, Erde, Luft und Wasser.
Sobald der Spieler auf eine fremde Artgenossin stößt, wechselt die Ansicht in den Kampfmodus, der auf einer anderen Astralebene stattfindet.
Im Gegensatz zu vielen anderen Spielen enden diese Auseinadersetzungen jedoch niemals tödlich. Vielmehr darf der Spieler die unterlegene Kontrahentin seinem Feenfundus hinzufügen. Bis zu fünf dieser kleinen Zauberlinge trägt der Spieler in seinem Inventar mit sich herum. Die restlichen bewahrt er in seinem Zimmer in London auf, geschützt vor dem Zugriff böser Mächte.
Der Ausgang der actionreichen Feengefeechte hängt aber nicht nur von dem Geschick des Spielers im Umgang mit der PC-Maus ab. Mindestens genauso wichtig ist auch die richtige Auswahl der Kämpferinnen und Zaubersprüche. Ein Wassergeist zeigt sich von Feuerbällen unbeeindruckt, während ein Eis-Wesen dadurch gehörig Schaden nimmt. Nach einem erfolgreichen Kampf regnet es Erfahrungspunkte, die der Spieler als Trainer in die Spezialfähigkeiten seines Feen-Teams investiert. So werden kampfstarke Champions genauso aufgebaut wie ausgewogene Allrounder.