"Fairy Fencer F" setzt auf ein klassisches Kampfsystem mit Level-System, Kombos und Magie. Die Geschichte stellt einen Krieg zwischen Gottheiten in den Vordergrund. Dieser Krieg ist vergangen und die Gottheiten sind verschwunden. Das Spiel spricht von diesem Zeitpunkt an von der Epoche des modernen Zeitalters. Die Waffen, die von dem Krieg verblieben sind, heißen Furies, und diejenigen, die sie tragen, Fencers. Der Protagonist Fang ist gerade zu einem Fencer geworden, als er ein Mädchen namens Tiara kennenlernt, die ebenfalls ein Fencer ist.