S.T.A.L.K.E.R.: Call of Prypiat ist die Fortsetzung des ersten Teils der Reihe. Das ukrainische Militär plant in den Zonenkern vorzustoßen. Fünf Hubschrauber werden losgeschickt, um vorab das Gebiet auszukundschaften. Trotz guter Vorbereitung kehrt keiner davon zurück. Der Geheimdienst-Agent Alexander Degtyarev soll herausfinden, was geschehen ist. Als S.T.A.L.K.E.R. getarnt muss er sich durch das verstrahlte Gebiet schlagen.