In Magic Academy muss der Spieler eine vermisste Person suchen. In der Rolle von Annie, einer neuen Schülerin an der magischen Akademie von Arwindale, untersucht er das Verschwinden ihrer älteren Schwester Irene, die seit einem Jahr spurlos verschollen ist. Mit Hilfe einiger Lehrer und eines Freundes von Irene (der Harry Potter zum Verwechseln ähnlich sieht) sucht Annie nach Hinweisen auf Irenes Verbleib, lernt dabei, Schutzzauber zu umgehen, unsichtbare Gegenstände sichtbar zu machen und in die Zukunft zu blicken. Geister, uralte Zauber und magische Artefakte spielen dabei eine Rolle.