Mit ihren Erkenntnissen erntet sie jedoch nicht nur Respekt und Anerkennung, sondern zieht auch den Groll der erstarkenden Christen auf sich. Als es in der altägyptischen Weltstadt zwischen Heiden und Christentum zum Glaubenskrieg kommt, gerät Hypatia zwischen die Fronten. Und auch privat ist sie hin- und hergerissen zwischen dem Sklaven Davus (Max Minghella) und ihrem noblen Schüler Orestes (Oscar Isaac). Doch statt sich in die schützenden Arme der Liebe zu retten, stürzt sich Hypatia in ihren ganz persönlichen Glaubenskrieg und kämpft für das einzig gültige Prinzip ihrer Lehre: das Ideal der Wahrheit!