Eine völlig neue Bedrohung gefährdet die Menschheit. Als das freundliche Flugmonster Mothra ins Weltall entschwindet, hat es versehentlich Zellen von Godzilla im Gepäck. Durch Zufall landen Godzillas Zellteile in einem schwarzen Loch im Weltall und mutieren dort zu einem furchtbaren Monster: Spacegodzilla! Der neue Kampfroboter Mogera versucht vergebens, das Grauen aufzuhalten, denn der fürchterliche Weltraummutant siegt und hält Godzillas Spross "Little Godzilla" in einer Energieblase gefangen. Während die elterlichen Instinkte Godzillas geweckt werden, plant Spacegodzilla die Menschheit zu vernichten und die Erde für sich einzunehmen. Das gesamte Schicksal der Welt hängt nun an Godzilla, der sich auf die gewaltigste Schlacht der Menschheit gegen das übermächtige, außerirdische Monster vorbereitet.