1964, St. Nicholas in der Bronx. Der charismatische Priester Pater Flynn versucht die strengen Sitten einer katholischen Schule auf den Kopf zu stellen, die mit eiserner Hand von Schwester Aloysius Beauvier geführt wird. Die herrische Direktorin glaubt an die Macht der Furcht und schüchtert sowohl Schüler als auch Schwestern durch harte Disziplin ein. Als die Schule ihren ersten schwarzen Schüler Donald Miller aufnimmt, berichtet die hoffnungsvoll-naive Schwester James, dass Pater Flynn diesem zu viel private Aufmerksamkeit widmet. Sofort startet Schwester Aloysius einen Kreuzzug, um die Wahrheit herauszufinden und Flynn von der Schule zu vertreiben. Ohne jeglichen Beweis und nur mit ihrer moralischen Sicherheit gewappnet, verstrickt sie sich in einen Glaubenskampf mit verheerenden Konsequenzen...