In den Wirren des Dreißigjährigen Krieges folgt der arme 14-jährige Waisenjunge Krabat (David Kross) einer unheimlichen Stimme, die ihn zu einer geheimnisvollen Mühle führt. Dort bietet ihm ihr strenger, aber charismatischer Meister (Christian Redl) eine Stelle als Lehrling an. Bald entdeckt Krabat, dass er und die anderen elf Gesellen nicht nur das Müllerhandwerk lernen, sondern auch in schwarzer Magie ausgebildet werden. Zunächst ist er fasziniert, bis er erkennt, wie hoch der Preis der machtvollen Zauberei ist: In jeder Neujahrsnacht fordert der Meister einen seiner Schüler zum Duell auf Leben und Tod...