Der Mechagodzilla aus „Godzilla gegen Mechagodzilla“ („Godzilla – Tokyo SOS“ ist eine direkte Fortsetzung) befindet sich nach dem verbissenen Kampf des vorherigen Films in schlechtem Zustand. Seine Superfrost-Waffe funktioniert nicht mehr, andere Teile müssen ebenfalls repariert werden. Während die Arbeiten an den mechanischen Fertigkeiten des Stahlgiganten gut vorangehen, steht die Reparatur der Superfrost-Waffe aufgrund zu hoher Kosten nicht auf dem Programm. Als im Pazifik ein amerikanisches U-Boot verschwindet, befürchten Militärs sowie politische Kräfte, dass Godzilla erneut angreifen könnte.
Sie beschließen die schnelle Inbetriebnahme Mechagodzillas. Gleichzeitig tauchen die Zwillingspriesterinnen des Mothra-Kults, welcher auf der Infant-Insel zu Hause ist, bei dem im Ruhestand befindlichen Wissenschaftler Dr. Shinichi Chujo auf. Er kennt die beiden bereits aus der Vergangenheit. Sie bitten ihn, seinen Einfluss für die Zerstörung Mechagodzillas einzusetzen. Da für das stählerne Ebenbild Godzillas die Originalknochen der 1954 besiegten Echse verwendet wurden, ist die Balance zwischen Leben und Tod verletzt worden. Erst durch die Verschrottung kann erreicht werden, dass die Toten in Frieden ruhen und alles wieder im Fluss ist.