Bronx, 1964: Der charismatische Priester Flynn wird an die St. Nicholas Schule versetzt. Seine Bemühungen, die strikten Regeln zu durchbrechen, sind der strengen Direktorin Schwester Aloysius Beauvier von Anfang an ein Dorn im Auge.  
Als Flynn sich scheinbar zu aufopfernd um den ersten und einzigen schwarzen Jungen der Schule kümmert, wächst bei Schwester Beauvier und der jungen Schwester James ein dunkler Verdacht. Ohne eindeutige Beweise beginnen sie einen persönlichen Feldzug gegen den dynamischen Priester.