Nach einer ereignisreichen Zeit auf Madagaskar wollen Löwe Alex, Zebra Marty, Giraffe Melman und Nilpferd Gloria wieder nach Hause ? zurück in den Zoo im New Yorker Central Park. Und mit Hilfe der Pinguine, die ein altes Flugzeugwrack wieder flottmachen, stehen die Chancen für die Heimreise sogar recht gut.

Dass King Julien sich und seinem Privatsekretär Maurice ebenfalls einen Platz an Bord besorgt, lässt sich nicht verhindern. Doch der Flug ist kürzer als geplant und nach einer überraschenden Landung befinden sich die Reisenden plötzlich in der Steppe Afrikas, wo Alex und seine Freunde mitten in ein neues turbulentwitziges Abenteuer geraten.