Der 17-jährige Shinichi Kudo ist ein intelligenter Bursche, der durch seine Feinde ein Zellgift verabreicht bekommt, das ihm das Aussehen eines 6-Jährigen verleiht. Doch dieses Manko hält ihn nicht davon ab, weiterhin als genialer Privatdetektiv tätig zu sein und stetig nach den mysteriösen Männern in Schwarz zu suchen, die ihn als einzige wieder zurück verwandeln können. Als treuen Gefährten an seiner Seite hat der Junge den Professor Agasa, der Conan, ähnlich wie Q James Bond, immer mit den neuesten technischen Spielereien versorgt.