Vor der japanischen Küste wird ein amerikanisches Atom-U-Boot vernichtet. Tatsächlich deuten allerhand Zeichen darauf hin, dass der bereits vor fünfzig Jahren virulente Monsterdrachen Godzilla sein destruktives Werk wieder aufgenommen hat. General Tachibana kennt ihn noch von damals und bereitet Japan auf die Invasion vor. Tachibanas Tochter Yuri riskiert derweil den Allerwertesten fürs Fernsehen und eine spektakuläre Live-Reportage, als plötzlich weitere Monster aus der Erde klettern und den Infight mit Godzilla suchen.
Dieser Film ist nach "Final Wars" zweifellos der beste Teil der Millennium-Godzilla-Serie, die die Filme von 1999 bis 2004 umfasst.
Die Handlung: 50 Jahre wurde Godzilla für tot gehalten, jetzt taucht er wieder auf und bedroht erneut Japan. Das japanische Militär ist wie immer machtlos gegen das Monster. Die letzte Hoffnung für das Land sind die drei mystischen Schutzmonster Baragon, Mothra und King Ghidorah, die nach und nach zum Leben erwecken und sich dem scheinbar unbesiegbaren Godzilla entgegenstellen....
Im Gegensatz zu den meisten anderen Millennium-Godzillas beschränkt sich die Story hier nicht nur auf die Monsterprügeleien, sondern liefert auch noch einige interessante, neue Ideen, wie zum Beispiel, dass Godzilla nicht etwa, wie bisher angenommen, ein ganz "normaler" mutierter Dinosaurier ist, sondern er von den Seelen der Opfer des 2. Weltkriegs angetrieben wird. Aber natürlich lassen auch die Monsterfights dank verbesserter Tricktechnik nichts zu wünschen übrig, besonders der Kampf zwischen Godzilla und Baragon in Hakone ist sehr schön anzuschauen. Die Kreaturen werden zwar zumeist wieder durch Menschen im Gummikostüm dargestellt, es gibt aber auch einige gelungene CGI-Animationen zu bewundern. Hervorzuheben ist hier vor allem Godzillas erster (kompletter) Auftritt im Film, als er plötzlich in einem Hafen auftaucht. Auch die menschlichen Charaktere kommen sehr sympathisch rüber und lassen die etwa 40 Minuten, bis die Monster endlich auftauchen, wie im Flug vergehen. Der Film langweilt in dieser Monster-freien Phase überhaupt nicht, im Gegenteil, er baut gekonnt die Spannung auf.