In Virginia sind mehrere Frauen verschwunden - die Polizei findet nur ein paar menschliche Überreste und einen Ex-Priester, dessen eigenartige Visionen zu einem geheimen, medizinischen Experiment führen. Die Polizei ist ratlos. Eigentlich ein Fall für die X-Akten, doch die wurden vor Jahren geschlossen. Als jedoch eine junge FBI-Agentin verschwindet, entschließt man sich die Agenten Fox Mulder und Dana Scully zu reaktivieren. Auf die zwei wartet ein Fall voller unvorstellbarer Geheimnisse - aber eines wissen beide: Die Wahrheit ist irgendwo da draußen...