Hellboy alias Anung Un Rama (für seine Freunde einfach „Red“), der 1944 vom dunklen Magier Rasputin heraufbeschworen und von Professor Bruttenholm unter seine Fittiche genommen wurde, arbeitet für das Bureau of Paranormal Research and Defense, eine geheime Unterabteilung des FBI. Dort ist er hauptberuflich damit beschäftigt, andere Dämonen dahin zurück zu schicken, wo sie hergekommen sind. Doch gerade als Red genug mit anderen Problemen – beruflicher und privater Art – zu kämpfen hat, wartet ein neuer Job auf den ungestümen Hellboy. Die Waffenruhe zwischen den Menschen und den Wesen der Unterwelt ist in Gefahr! Der vor langer Zeit mit dem Elfenkönig (Roy Dotrice) ausgehandelte Frieden steht kurz vor dem Ende. Der verbitterte Elfenprinz Nuada (Luke Goss) will mit Unterstützung der unbesiegbaren Goldenen Armee die Macht an sich reißen und den Geschöpfen der Unterwelt die Position zukommen lassen, die ihnen seiner Meinung nach zusteht. Gemeinsam mit seinem Kollegen, dem Fischmenschen Abe Sapien (Doug Jones), seiner Freundin Liz (Selma Blair), seinem Vorgesetzten Johann Krauss (James Dodd) und der Hilfe von Prinz Nuadas Zwillingsschwester (Anna Walton) stellt Hellboy sich seiner bisher größten Herausforderung…