Der japanische Volkskundeforscher Professor Sakai entdeckt durch Zufall eine Schriftrolle, durch die die beiden Dämonen Blitz und Donner Besitz von ihm ergreifen. Ihr Ziel ist die Befreiung der Drachen, um die Weltherrschaft zu erlangen. Hellboy und ein Team der "Behörde zur Untersuchung und Abwehr paranormaler Erscheinungen" sollen den Fall untersuchen. Dank eines Samuraischwertes wird Hellboy in die Dimension der japanischen Sagenwelt versetzt. Auf sich allein gestellt muss er den Weg zurück finden, während der Rest des Teams ebenfalls voneinander getrennt wird und sich unbesiegbar erscheinenden Kreaturen stellen muss.