Als die Grace Familie auf die magischen, bisweilen furchterregenden Kreaturen trifft, müssen nicht nur persönliche Mutproben bestanden werden, es müssen auch die Probleme der Familie gemeinsam gelöst werden.

Im Mittelpunkt der Geschichte stehen die drei Grace Kinder Jared, sein Zwillingsbruder Simon und ihre ältere Schwester Mallory – sowie ihre frisch geschiedene Mutter Helen. Die Familie zieht in das einsame, verfallene Spiderwick Anwesen, das Haus ihres Ur-Großonkels Arthur Spiderwick und ihrer Großtante Lucinda. Die Kids sind von dem Umzug wenig begeistert, doch alle passen sich auf ihre Weise den neuen Verhältnissen an: Simon untersucht das ungewöhnliche Haus. Mallory trainiert Fechten. Helen bekommt einen neuen Job in der nächsten Stadt.

Als Jared bemerkt, dass ungewöhnliche Dinge in dem magischen Haus geschehen, geht er den Dingen auf den Grund. Er ignoriert alle Warnungen des Wichtelmännchens Thimbletack und entdeckt das seltsame und nicht ungefährliche Buch von seinem Onkel Arthur: "Handbuch für die fantastische Welt um dich herum". Einmal geöffnet, enthüllt das Buch die seltsame, wundersame und beängstigende Welt um das Spiderwick Anwesen. Da ist der verschlagene, aber freundliche Kobold namens Hogsqueal, eine Horde von gefährlichen Kobolden sowie die schönen und geheimnisvollen Elfen und Luftgeister. Doch nur jene, die durch den magischen Stein oder mit der Seele von Kindern sehen, können diese Kreaturen wahrnehmen.

Eine enorme Bedrohung geht von dem bösen Ungeheuer Mulgarath aus. Die Kinder beginnen zu ahnen, dass das "Handbuch" nicht nur ein reines Fantasie-Produkt ihres Onkels darstellt, sondern den Schlüssel liefert zu all den wundersamen Wesen, die ihnen begegnen. Wer diese Geheimnisse versteht, bekommt unvorstellbare Kräfte – deshalb setzt Mulgarath alles daran, die Mission der Kinder zu verhindern.